Den Ursprung fand das Stadtmuseum im 19. Jahrhundert  in einer Sammlung im Rathaus, die als “Antiquitäten Cabinet” bezeichnet wurde. Der damalige Bürgermeister Felix Mießl beauftragte 1824 die Antiquitäten zu ordnen und zu kategorisieren. Durch die weitere Sammlertätigkeit kamen Zunftgegenstände, Münzen, Kunstgegenstände aus aufgelassenen Klöstern, Porzellan und Mobiliar der Biedermeierzeit dazu, sodass Teile der Sammlung, wie die Sammlung der Tonwarenfabrik “De Cente”, ins Stift Neukloster verlagert wurde.
Das Stadtmuseum wurde im Zuge der Vorbereitungen auf die NÖ Landesausstellung 2019 adaptiert. Zusammen mit der Dominikanerkirche St. Peter an der Sperr fusionierten die beiden Einrichtungen 2018 zu einem großartigen Komplex für Geschichte, Kultur und Gesellschaft.